無菌室一般為4—5平方米、高2.5米的獨立小房間，專辟于微生物實驗室內，可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都應該密閉、室內裝備的換氣設備應該有空氣過濾裝置。

在獲得了無菌環境和無菌材料后，只有保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究。所以控菌能力和控菌穩定性是無菌室的核心驗收指標。

業內通行的驗收標準為100級潔凈區平板雜菌數平均不得超過1個菌落，10000級潔凈室平均不得超過3個菌落，但由于持續穩定性難以測試，所以國內工程企業經常出現3年翻新現象，導致性價比縮水;而**工程，由于普遍按歐美環境指標執行，很難考慮國內建筑材料適應性，所以也經常發生穩定性失常狀況。在通行標準之外，還設有自身執行的長期維護、選材指標，凈化能力和環境適應力遠超**。

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